בתביעה שהוגשה למחוזי בתל אביב דורש משרד השיכון כי חברת "חלמיש" תשיב לידיו נכסים בשווי מוערך של כ-2.3 מיליארד שקל, לבטל רישומים שבוצעו לטובת חלמיש ולהשיב עשרות מיליוני שקלים שלטענתו מוחזקים בידי החברה שלא כדין. מדובר במקרה נדיר שכן החברה מצויה בבעלות משותפת של המדינה ועיריית ת"א. חלמיש: "בוחנים את התביעה, נגיב במסגרת ההליך המשפטי"
אף שהתחדשות עירונית היא אחד מיעדיה המוצהרים של "חלמיש" - חברה משכנת בבעלות משותפת של עיריית תל אביב והמדינה - דיירים ויזמים טוענים כי התנהלותה בפועל מכוונת להעשיר את קופתה. בשכונת כפר שלם כבר הגישו נגדה הדיירים תביעה, ויזם ביפו ג' שוקל גם הוא צעדים משפטיים. חלמיש בתגובה: "הפנייה לתקשורת – ניסיון של היזם להתחמק מתשלום ראוי עבור זכויותינו"
בשכונת דקר ביפו יוזמת עיריית תל אביב תוכנית לבניית 819 דירות במקום כ-300 יח"ד בבנייני שיכון, שבחלקם הגדול משמשים לדיור ציבורי, לצד מתחם תעסוקה של 9,000 מ"ר. ברחוב קיבוץ גלויות מקדמת יעז יזמות פינוי בינוי בהיקף של 185 יח"ד
טופס 4 היה אמור להתקבל ביוני 2014 – אך הוא ניתן רק בפברואר 2016 • החברה האשימה את החברה הממשלתית חלמיש באיחור: "חלמיש לא גרמה לעיכוב בהשלמתן של עבודות הבנייה" .
חלמיש "מקדמת בברכה" מיזם פרטי של תמ"א 38, אולם דורשת שהדירות של דייריה יהיו קטנות – דבר שיצור אפליה בין דייר לדייר ועלול להגיע לבית המשפט
